Im Jahre 1993 etablierte das Parlament der Republik Malta das Instrument der Flaggenstaatskontrolle für alle Handelsschiffe, die berechtigt sind, die Flagge von Malta zu führen.
Schon seit 1994 ist MCB offiziell bestellter Inspektor für Flaggenstaatskontrollen für die Schifffahrtsbehörde des maltesischen Transportministeriums (Transport Malta - Merchant Shipping Directorate). Diese Inspektionen werden von MCB in regelmäßigen Intervallen in allen wichtigen nordeuropäischen Häfen durchgeführt (Deutschland, Dänemark, östliche Teile der Niederlande und sporadisch Norwegen). Darüber hinaus ist MCB ermächtigt Unfalluntersuchungen und Einflaggungsbesichtigungen im Namen der Behörde durchzuführen.
Das Ziel der Flaggenstaatsinspektion ist die Überwachung und die Durchsetzung sicherheitsrelevanter Standards in Übereinstimmung mit den internationalen maritimen Konventionen und dem Merchant Shipping Act.
Die Maltesische Schifffahrtsbehörde führt regelmäßig Inspektionen von Handelsschiffen weltweit durch, indem sie den Service ihres globalen Netzwerkes von bestellten Inspektoren nutzt. In deren Folge wird unter Anderem das gute Image der Flagge bewahrt.